史前，神州大地，烽烟四起，天下大乱，群雄争霸，形成诸侯割据的错综复杂局面。地处中原的大周王国，强势崛起，傲视群雄。周仁王周天霸暴虐好色，听闻南秦皇后金玉，是天下第一美女，逐令南秦王把金玉皇后进贡给他，遭到南秦王拒绝，恼羞成怒，并派精锐肖家军为先锋，讨伐南秦。肖家军统帅肖起，怀抱幼子肖天出征。肖家军骁勇善战，勇冠三军，所向无敌，素来是大周第一精锐。肖帅率肖家军进入南秦，得知密报，南都寺后面的群山中，藏有南秦重要的粮库和兵器库。肖帅连夜带兵奔袭，从此消失在莽莽群山中，杳无音讯。周仁王得知肖家军全军神秘失踪大怒，亲自统帅大军讨伐南秦，围攻南秦都城，下令屠灭全城，为肖家军报仇。就在破城之时，南秦皇后金玉发动宫廷政变，诛杀南秦王和王室成员，亲率文武大臣，打开城门，向周仁王投降，并在周怀王面前，亲手掐死自己亲生的南秦皇子。周怀王大喜，当即封金玉为大周皇贵妃。十六年后，肖家军少帅肖天，从肖家军消失的群山中走出，开始大杀四方，纵横天下，扫灭诸国的壮举。我们的故事就是从肖天刺杀金玉皇贵妃，为肖家军复仇开始。