西历2045年，三颗行星与地球相撞造成了几乎导致人类灭绝的危机——“未知接触”六年后的西历2051年，世界各地开始出现被称作“超生体”的未知生物，它们威胁着人类的生存，为了对抗它们，少年垫星来驾驶着被称作主神机式（GODMACHINE）的巨大兵器与其战斗，然后慢慢发现世界的真相。