在原着剧情基础上，柯南在与黑衣组织的对抗中迎来新挑战。东京发生离奇盗窃案，柯南与天才黑客林羽相遇并合作。他们发现黑衣组织企图利用新型病毒控制全球网络系统的惊天阴谋。随着调查深入，他们屡次陷入危机，从废弃工厂的冒险到科技公司的追踪，再到与黑衣组织的激烈交锋，柯南、林羽和伙伴们凭借智慧、勇气和团结，一次次在绝境中反击，守护世界的和平与正义，努力揭开真相，阻止黑衣组织的邪恶计划。