风暴席卷太平洋时，海洋生物学家陆时衍在科考船甲板上，发现了被巨浪卷来的神秘男子——林知寒。他浑身覆盖着细密的银蓝色鳞片，指尖有半透明的蹼，鳃部还在微弱开合，显然不是普通人类。陆时衍冒险将他藏在实验室的海水舱，林知寒醒来后失去记忆，只对深海发出的低频声波有本能反应，也无法长时间离开海水。陆时衍为他取名“知寒”，试图帮他找回身份，却引来秘密组织“海阁”的追查——他们认定林知寒是传说中“太平洋底文明”的幸存者，想提取他的基因掌控深海。为躲避追捕，陆时衍带着林知寒潜入太平洋深处。途中，林知寒逐渐觉醒能力：能与巨型鲸类沟通，在万米深海自由穿行，还能感知海底地质异动。他零碎的记忆里，总浮现一座发光的水下古城，以及一场毁灭文明的灾难。两人在躲避“海阁”追捕的同时，联手阻止了一次海底火山喷发引发的海啸，也慢慢靠近林知寒的身世真相——他不是“幸存者”，而是太平洋底文明为延续火种，用远古基因培育出的“新人类”。而陆时衍的家族，竟与百年前发现海底古城的科考队，有着千丝万缕的联系。