五千年后的地球，人类因为科技发展的方向彻底分裂成为两派。一派是移居月球坚持走开发人类大脑获得超能力，企图人造神明的“异能派”；一派是坚持走科技研发，试图研发出最强科技武器达到超越神明的科学派。经过数千年的斗争两派最终决定，两派出各自最优秀的两年轻人——科学派暗部有史以来最年轻的首席刺客藤原千僵以及异能派首位大脑开发程度突破20%的LV6超能力者艾莉丝神奈举行一场“和亲”，不对，是战斗。最终获胜的一方将决定整个人类文明最终发展的方向。随着斗争的不断加深，外星文明最终发现了人类并且发动毁灭性进攻。在这个不断割裂的时代，少年与少女的心却在不断靠近。