主角穿越了两个世界，最终成为了皮卡丘，而且自己的搭档竟然是未来的神奇宝贝大师小智障。可是自己并不是真正的皮神，真的还能带领小智成为神奇宝贝大师吗？而蓝星人类与新诞生的精灵矛盾越来越大，没有了自己这个穿越者调解，他们会不会爆发战争呢？幸亏，蓝星的直播科普系统也跟着来到这个世界了。站在你们的面前是：石英大会的冠军、白银大会的冠军、彩幽大会的冠军、铃兰大会的冠军、桧垣大会的冠军、密阿雷大会的冠军。最终达成全胜无败的记录，这就是他变身成为皮卡丘的目标，带领小智一起成长，夺下全地区的冠军，真正的成为宝可梦大师。