由于某大型组织火箭队实验的时空机器发生大爆炸，导致时空扭曲影响到了这个世界的各个地区。不同地区的宝可梦也随之出现在世界各地，而除此之外，不同世界的人物也出现在了这个宝可梦的世界之中。于此产生的各种接触，矛盾和交流也在各个地区中上演。