20xx年，人类中开始出现超能力者。十年后，一座专门研究和治疗超能力的都市----学园都市诞生。因为青少年最容易诞生出超能力，所以都市里建立了无数的学校，这个都市也被称为学园都市。刚摆脱完御坂美琴追杀，准备回家的上条当麻意外撞见正在被追杀的少女----茵蒂克丝，为了救下少女，当麻身负重伤。为了挽救当麻的性命，茵蒂克丝向其坦白，原来她是位面穿越者，之所以不断的穿梭于不同的位面中是为了完成主神的任务，只要能回归主神空间，不管受多大的伤都会痊愈，就这样，当麻成为了穿越者的一员。