这部小说围绕孙悟空等人阻止黑暗势力唤醒黑暗之神、拯救三界展开。混沌危机初解后，神秘访客预示新危机，众人在迷雾森林获线索，得乾坤镜后历经幽影谷等险地，与黑袍人、黑暗巨兽等恶战，得知黑暗势力企图唤醒黑暗之神。为阻止阴谋，他们兵分多路寻找黑暗源晶，在神秘岛屿、废弃矿山、被诅咒古城、神秘冰渊等地，克服重重困难，与海怪、章鱼、幽灵士兵、冰龙等战斗，成功获取三颗。最终在神秘海域击败海兽，找到最后一颗时，遭遇黑暗势力幕后主使——天庭叛逃仙官。孙悟空等人合力将其击败，封印黑暗之神苏醒通道，三界重归和平。但东华帝君示警，黑暗余孽未除，孙悟空又因地府异动，再次踏上对抗黑暗势力之路。