现代青年林凡意外穿越到的世界，降临在剧情起点时期的太空殖民卫星。获得神秘“高达SEED系统”，不仅能召唤CE世纪所有机师（含剧场版），还拥有全部机体与战舰的完整图纸库，包括量产机和各型号战舰。为避免成为各方势力棋子，林凡选择成立独立佣兵团“扎夫特”，凭借超前知识、SEED技术，在天人组织干预世界时崛起，周旋于三大阵营（人革联、AEU、Union）、天人、利邦兹及后续外星威胁之间，以SEED科技改写00世界命运，探索战争与和平的真谛。